патчится просто. в IDA находишь проверку на количество запускаемых процессов, (она перед созданием mutex'а), делаешь в этой проверке
Код:
mov ax,1
jmp адрес_выхода из функции
и получаешь мультиоконную версию бинарника.
для теста - возьми бинарник от NewParadise и сравни с оригинальным - там уже стоит патч на мультиокно :)