На примере лишних байтов в веапонитем:
Открываем скрипт с помощью UltraEdit
Мотаем в самый конец и видим лишние байты:

Далее потихоньку прокручиваем вверх,пока не дойдем до байтов,отмеченных на скрине красным прямоугольником.Не забудьте отсчитать 3 байта(00 00 00) от 01.

Теперь выделяем все лишнее и до самого конца,как выделите, ПКМ мышкой --> Cut(вырезать)

Сохраняем и пихаем в папку с сервером,вуаля!