Разница есть, т.е. есть вероятность, что программа отработает неправильно, но благо это си, и потому вероятность низкая.
В общем нужно посмотреть описание конкретного процессора, с ходу вспоминаю только то, что в армах чар беззнаковый.
И ещё нужно присмотреться к оптимизации, там работа с памятью организованна по другому, и со стандартной компиляторной оптимизацией программа может работать неправильно из-за неправильной работы с кешем.
Ну и вообще я думаю стоит получше узнать саму платформу, вспомнинаю уже с большим трудом универские знания) но там есть какие-то особенности работы конвеера и планировщика (что-то там с простаиванием процессора и забиванием конвееров нопами в случае если в неправильном порядке условные блоки поставить), но по идее сейчас компилятор должен с такими проблемами справляться (хотя кто его знает).
в любом случае есть же виртуальные машины для предварительных тестов
И кстати почему risс? есть же много промышленных контроллеров с x86, например те же beckhoff'ы.