Если не получается сравнить файлы по-байтово и удалить лишние то предложу такой выход из ситуации:
ДатЕдитором открой датник выдели самую последнюю ячейку, правая - снизу, посмотри ниже байты, все нули после последней ячейки нужно удалить.